Pierwotnie promieniowanie mikrofalowe wykorzystywane było jako zamiennik płaszczy grzejnych do przyśpieszania reakcji chemicznych, natomiast jako pierwsze reaktory posłużyły domowe kuchenki mikrofalowe. Pole elektromagnetyczne oddziałując z cząsteczkami posiadającymi moment dipolowy, powoduje ich reorientację nadając im energię kinetyczną. Zderzające się następnie ze sobą cząsteczki powodują zamianę tej energii na ciepło. Pomimo niskiej sprawności magnetronów, przemieniającej energię elektryczną w mikrofalową, ten rodzaj ogrzewania zyskał przychylność dzięki równomiernemu ogrzewaniu mieszaniny reakcyjnej w całej objętości naczynia już od pierwszych chwil syntezy. Możliwe stało się także umieszczanie i ogrzewanie naczyń o niestandardowych kształtach, o ile tylko wykonane były z materiałów transparentnych dla mikrofal, takich jak szkło czy PTFE. Niewielka modyfikacja częstotliwości pracy magnetronu przyniosła dodatkowe korzyści. W niektórych reakcjach chemicznych zaobserwowano inny mechanizm prowadzący do zwiększenia wydajności lub otrzymania zupełnie innego produktu, który wcześniej był trudny do otrzymania. Możliwe stało się także ogrzewanie rozpuszczalników nieco powyżej temperatury wrzenia. Obecnie uważa się, że nie wszystkie korzyści płynące z tego rodzaju ogrzewania zostały poznane.

Peptydy po raz pierwszy zostały otrzymane z użyciem mikrofal w roku 1992. Jednak dopiero po dziesięciu kolejnych latach opracowano w firmie CEM urządzenia łączące w sobie klasyczne syntezatory (zwykle system zaworów, rezerwuary, naczynie reakcyjne) z reaktorem mikrofalowym. Wiele grup naukowców przez lata podważało skuteczność syntezy mikrofalowej w kontekście potencjalnych problemów z racemizacją. Badania kilku zespołów udowodniły, że stopień racemizacji będącej wynikiem syntezy mikrofalowej nie odbiega od wartości uzyskanych dla syntezy klasycznej. Co więcej, samo tylko równomierne rozprowadzenie ciepła, jako jeden z efektów promieniowania mikrofalowego, nie tylko przyspiesza reakcję w sposób jednolity, ale pomaga też lepiej penetrować ziarna nośnika (polimeru) podczas etapów przemywania. Ostatnie badania dowiodły, że do wydajnego przemycia polimeru wystarczają zaledwie trzy porcje dimetyloformamidu (w klasycznej syntezie używa się minimum sześciu porcji przemywających nośnik rozpuszczalników).

Powyższy tekst jest fragmentem artykułu opublikowanym w czasopiśmie Laborant: Synteza mikrofalowa peptydów